[R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Jorge I Velez]

Hola Manuel,
Has pensado en OneR?
Puede ser útil para seleccionar las variables más importantes.
Saludos,
Jorge.-

El El vie, 1 de abr. de 2022 a la(s) 5:48 a. m., Manuel Mendoza <
mmendoza using fulbrightmail.org> escribió:

> Gracias Carlos, te hice caso pero me da este otro error, que creo que está
> relacionado también con la memoria:
> Error: cannot allocate vector of size 12.5 Gb.
> He resuelto el problema aplicando XgBoost, que utiliza todos los nodos del
> ordenador. Aunque no hace lo mismo (es un boosting y no un bootstrap), mi
> intención era seleccionar las variables más importantes para no tener que
> trabajar con todas. XgBoost también da la importancia, y Gain,
> concretamente, lo hace de forma parecida a IncNodePurity. Me salen, además,
> las mismas que con random forest, cuando funcionó con 9107 genes de los
> 58036, por lo que me quedaré con esas variables.
>
> Gracias, una vez más,
> Manuel
>
>
>
>
> El vie, 1 abr 2022 a las 9:32, Carlos Ortega (<cof using qualityexcellence.es>)
> escribió:
>
>> Hola Manuel,
>>
>> Yo probaría con "ranger", la implementación de "randomForest" pero en
>> C++, tiene una mucha mejor gestión de la memoria.
>> Y sin duda, para un problema de este tipo, notarás una gran diferencia en
>> velocidad de ejecución.
>>
>> Gracias,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>> El vie, 1 abr 2022 a las 5:03, Manuel Mendoza (<
>> mmendoza using fulbrightmail.org>) escribió:
>>
>>> Buenos días, por primera vez he necesitado trabajar con una df que
>>> incluye nada menos que 58036 variables, que son grados de expresión génica
>>> (el nº de muestras es 933) y al hacer un random forest (paquete
>>> randomForest) me ha dado un error hasta ahora para mi desconocido: Error:
>>> protect(): protection stack overflow
>>>
>>> Parece ser debido a la falta de memoria del ordenador, que es un laptop,
>>> aunque bastante potente. Con 9197 variables no tuve problemas y tardó mucho
>>> menos de lo que yo esperaba.
>>> ¿Es posible hacer algo?
>>> Gracias,
>>> Manuel
>>>
>>>
>>> Memnory Usage Report
>>>
>>> [image: image.png]
>>>
>>>
>>>  Con gc() me salió esto:
>>>
>>>                   used      (Mb)         gc trigger        (Mb)
>>>  max used        (Mb)
>>> Ncells  1120419      59.9           2413118      128.9
>>> 1717277         91.8
>>> Vcells 56595010   431.8     1723373484   13148.3     1793563775
>>> 13683.9
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es using r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>>
>> --
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
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