[R-es] Problemas al intentar cargar datos

[dolors giralt casellas]

Instalando los paquetes en el linux como dijo Victor ya logré cargar los
datos.

De todas formas, actualizaré la versión de R.

Muchas gracias a todos!

2014-10-10 23:25 GMT+02:00 Isidro Hidalgo Arellano <ihidalgo en jccm.es>:

> Dolors, ¿por qué no actualizas tu versión de R? Algún problema podría
> venir de ahí. Te lo recomiendo...
> Un saludo.
> Isidro
>
>
>
> > El 10/10/2014, a las 16:12, dolors giralt casellas  escribió:
> >
> >
> >
> > Muchas gracias!
> >
> > Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono.
> >
> > Dolors
> >
> > 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel :
>
> >
> > > Dolors,
> > >
> > > A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el
> > > paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la
> > > librería libcurl.
> > >
> > > Daniel Merino
> > >
> > > El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García <
> > > victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:
> > >
> > > Hola Dolors,
> > >>
> > >> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en
> > >> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN).
> > >>
> > >> En la página del paquete (
> > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
> > >> tienes la orden para instalarlo:
> > >>
> > >> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> > >> > biocLite("GEOquery")
> > >>
> > >>
> > >> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no
> en
> > >> CRAN:
> > >>
> > >> Biobase:
> > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
> > >> limma:
> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
> > >>
> > >> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero
> > >> cambiando el nombre al paquete correspondiente).
> > >>
> > >> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de
> > >> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras
> la
> > >> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena
> > >> compatibilidad con nuevos paquetes.
> > >>
> > >> Espero que te sirva,
> > >>
> > >> Un saludo
> > >>
> > >> Víctor Granda García
> > >> Ph.D. Student
> > >> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo
> > >>
> > >> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas <
> > >> dolors1985 en gmail.com> escribió:
> > >>
> > >> > Hola, buenas tardes,
> > >> >
> > >> >
> > >> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del
> ncbi con
> > >> > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp.
> > >> > he utilizado el siguiente codigo:
> > >> >
> > >> > library(Biobase)
> > >> > library(GEOquery)
> > >> > library(limma)
> > >> > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
> > >> >
> > >> > Al hacerlo me da este error:
> > >> >
> > >> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to
> > >> host"
> > >> >
> > >> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el
> archivo y
> > >> al
> > >> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
> > >> >
> > >> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
> > >> >
> > >> > utilizando la siguiente sintaxis:
> > >> >
> > >> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
> > >> >
> > >> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
> > >> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
> > >> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno
> de
> > >> los
> > >> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)"
> > >> >
> > >> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64
> > >> bits).
> > >> >
> > >> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
> > >> >
> > >> > Muchas gracias
> > >> >
> > >> > Dolors
> > >> >
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