[R-es] Problemas al intentar cargar datos

[Isidro Hidalgo Arellano]

Dolors, ¿por qué no actualizas tu versión de R? Algún problema
podría venir de ahí. Te lo recomiendo...
Un saludo.
Isidro



> El 10/10/2014, a las 16:12, dolors giralt casellas  escribió:
> 
> 
> 
> Muchas gracias!
> 
> Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono.
> 
> Dolors
> 
> 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel :
> 
> > Dolors,
> >
> > A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado
el
> > paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux
tienes la
> > librería libcurl.
> >
> > Daniel Merino
> >
> > El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García <
> > victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:
> >
> > Hola Dolors,
> >>
> >> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra
en
> >> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN).
> >>
> >> En la página del paquete (
> >>
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
> >> tienes la orden para instalarlo:
> >>
> >> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> >> > biocLite("GEOquery")
> >>
> >>
> >> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y
no en
> >> CRAN:
> >>
> >> Biobase:
> >>
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
> >> limma:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
> >>
> >> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que
GEOquery pero
> >> cambiando el nombre al paquete correspondiente).
> >>
> >> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un
tema de
> >> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que
actualizaras la
> >> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una
plena
> >> compatibilidad con nuevos paquetes.
> >>
> >> Espero que te sirva,
> >>
> >> Un saludo
> >>
> >> Víctor Granda García
> >> Ph.D. Student
> >> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo
> >>
> >> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas <
> >> dolors1985 en gmail.com> escribió:
> >>
> >> > Hola, buenas tardes,
> >> >
> >> >
> >> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del
ncbi con
> >> > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp.
> >> > he utilizado el siguiente codigo:
> >> >
> >> > library(Biobase)
> >> > library(GEOquery)
> >> > library(limma)
> >> > gset  >> >
> >> > Al hacerlo me da este error:
> >> >
> >> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't
connect to
> >> host"
> >> >
> >> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el
archivo y
> >> al
> >> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
> >> >
> >> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
> >> >
> >> > utilizando la siguiente sintaxis:
> >> >
> >> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
> >> >
> >> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3
paquetes que
> >> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
> >> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada
uno de
> >> los
> >> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version
2.15.3)"
> >> >
> >> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu
(64
> >> bits).
> >> >
> >> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
> >> >
> >> > Muchas gracias
> >> >
> >> > Dolors
> >> >
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