[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu

Miguel Fiandor Gutiérrez miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com
Vie Ago 15 09:53:04 CEST 2014 

offline? te lo envío a tu email, pq no creo que a toda la lista sea buena
idea.




El 15 de agosto de 2014, 9:47, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
escribió:

> De nada, Miguel.   Es posible que me envies el archivo offline?   --JIV
>
>
>
> 2014-08-15 17:45 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
> Gracias Jorge por contestar tan rápido.
>>
>> Con gdata hago eso del path, y directamente con el fichero, lo vi en una
>> web, y he intentado todas las opcioens que he visto.
>>
>> En vez de install.packages('rJava', type = 'source')
>> he hecho install.packages('rJava')
>>
>> Ahora probaré, y lo mismo con scan y readLines.
>>
>>
>> He visto en stackoverflow que mi problema puede ser actualizar java, u
>> openjava más bien ->
>> http://stackoverflow.com/questions/16438073/unable-to-install-rjava-in-r-3-0-in-ubuntu-13-04
>>
>> Luego os cuento
>>
>> Gracias de nuevo
>>
>>
>>
>> El 15 de agosto de 2014, 9:38, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>> escribió:
>>
>> Hola Miguel,
>>>
>>> Me queda claro lo de RODBC.  Lo que no entiendo muy bien es por que usas
>>>
>>>  file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>
>>> cuando usas gdata.  Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en
>>> paquete?  O estan en otro lugar?  Comenzaria revisando el path al archivo y
>>> escribiendo
>>>
>>> datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1, header =
>>> TRUE)
>>> head(datos)
>>>
>>> Que version de R tienes?   Has intentado reinstalando rJava desde
>>> sources()?
>>>
>>> install.packages('rJava', type = 'source')
>>> require('rJava')
>>> require('xlsx')
>>>
>>> Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan()
>>> y readLines().
>>>
>>> Saludos,
>>> Jorge.-
>>>
>>>
>>>
>>> 2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>
>>> Hola,
>>>>
>>>> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por
>>>> fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta
>>>> de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>>>>
>>>> @jorge ->
>>>>
>>>> Con RODBC me salta ->
>>>>
>>>>
>>>> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>>>>
>>>> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>>>> <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
>>>> Con gdata ->
>>>>
>>>>
>>>> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method,  :
>>>>   Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl'
>>>>
>>>> Con XLConnect ->
>>>>
>>>>
>>>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’Warning in install.packages :
>>>>   installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package ‘XLConnect’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’Warning in install.packages :
>>>>   installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status
>>>>
>>>> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con
>>>> xlsx ->
>>>>
>>>>
>>>> Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘xlsxjars’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’Warning in install.packages :
>>>>   installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘xlsxjars’ is not available for package ‘xlsx’* removing ‘/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx’Warning in install.packages :
>>>>   installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status
>>>>
>>>> ================================= Viendo que el problema parecía java +
>>>> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
>>>> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
>>>> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
>>>> compile a JNI program
>>>>
>>>>
>>>> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>>>> escribió:
>>>>
>>>> Hola Miguel,
>>>>>
>>>>> A que te refieres con "y nada"?  Obtienes algun error?  Algun mensaje?
>>>>>  Has probado con scan() y/o readLines()?
>>>>>
>>>>> Saludos,
>>>>> Jorge.-
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>>>
>>>>>> Hola,
>>>>>>
>>>>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado
>>>>>> muchos con
>>>>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
>>>>>> funcionar.
>>>>>>
>>>>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>>>>>> paquetes
>>>>>> y nada:
>>>>>>
>>>>>> require(RODBC)
>>>>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the
>>>>>> Excel file
>>>>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>>>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>>>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
>>>>>> (alternative
>>>>>> SQL sintax)
>>>>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>>>>
>>>>>> require(gdata)
>>>>>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>>>> df = read.xls (xlsfile)
>>>>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>>>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>>>>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>>>>
>>>>>> require(xlsx)
>>>>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>>>>>
>>>>>> library(XLConnect)
>>>>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>>>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>>
>>>>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo
>>>>>> xml
>>>>>> por dentro:
>>>>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> -- ejemplo del fichero:
>>>>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>>>>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>>>>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
>>>>>> instalacion</th><th
>>>>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
>>>>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>>>>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia
>>>>>> nominal
>>>>>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>>>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>>>>> FOTOVOLTAICA
>>>>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>>>>> ...
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Gracias de antemano.
>>>>>>
>>>>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación
>>>>>> Shiny,
>>>>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar
>>>>>> el
>>>>>> servidor?
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Miguel
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