[R-es] leer ficheros excel en R en Ubuntu

Jorge I Velez jorgeivanvelez en gmail.com
Vie Ago 15 09:47:10 CEST 2014 

De nada, Miguel.   Es posible que me envies el archivo offline?   --JIV



2014-08-15 17:45 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:

> Gracias Jorge por contestar tan rápido.
>
> Con gdata hago eso del path, y directamente con el fichero, lo vi en una
> web, y he intentado todas las opcioens que he visto.
>
> En vez de install.packages('rJava', type = 'source')
> he hecho install.packages('rJava')
>
> Ahora probaré, y lo mismo con scan y readLines.
>
>
> He visto en stackoverflow que mi problema puede ser actualizar java, u
> openjava más bien ->
> http://stackoverflow.com/questions/16438073/unable-to-install-rjava-in-r-3-0-in-ubuntu-13-04
>
> Luego os cuento
>
> Gracias de nuevo
>
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 9:38, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
> escribió:
>
> Hola Miguel,
>>
>> Me queda claro lo de RODBC.  Lo que no entiendo muy bien es por que usas
>>
>>  file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>
>> cuando usas gdata.  Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en
>> paquete?  O estan en otro lugar?  Comenzaria revisando el path al archivo y
>> escribiendo
>>
>> datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>> head(datos)
>>
>> Que version de R tienes?   Has intentado reinstalando rJava desde
>> sources()?
>>
>> install.packages('rJava', type = 'source')
>> require('rJava')
>> require('xlsx')
>>
>> Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan()
>> y readLines().
>>
>> Saludos,
>> Jorge.-
>>
>>
>>
>> 2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>
>> Hola,
>>>
>>> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por
>>> fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta
>>> de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>>>
>>> @jorge ->
>>>
>>> Con RODBC me salta ->
>>>
>>> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>>>
>>> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>>> <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
>>> Con gdata ->
>>>
>>> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method,  :
>>>   Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl'
>>>
>>> Con XLConnect ->
>>>
>>> Error : package 'rJava' was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package 'XLConnectJars'* removing '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars'Warning in install.packages :
>>>   installation of package 'XLConnectJars' had non-zero exit statusERROR: dependency 'XLConnectJars' is not available for package 'XLConnect'* removing '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect'Warning in install.packages :
>>>   installation of package 'XLConnect' had non-zero exit status
>>>
>>> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx
>>> ->
>>>
>>> Error : package 'rJava' was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package 'xlsxjars'* removing '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars'Warning in install.packages :
>>>   installation of package 'xlsxjars' had non-zero exit statusERROR: dependency 'xlsxjars' is not available for package 'xlsx'* removing '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx'Warning in install.packages :
>>>   installation of package 'xlsx' had non-zero exit status
>>>
>>> ================================= Viendo que el problema parecía java +
>>> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
>>> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
>>> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
>>> compile a JNI program
>>>
>>>
>>> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
>>> escribió:
>>>
>>> Hola Miguel,
>>>>
>>>> A que te refieres con "y nada"?  Obtienes algun error?  Algun mensaje?
>>>>  Has probado con scan() y/o readLines()?
>>>>
>>>> Saludos,
>>>> Jorge.-
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>>
>>>>> Hola,
>>>>>
>>>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos
>>>>> con
>>>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
>>>>> funcionar.
>>>>>
>>>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>>>>> paquetes
>>>>> y nada:
>>>>>
>>>>> require(RODBC)
>>>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel
>>>>> file
>>>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
>>>>> (alternative
>>>>> SQL sintax)
>>>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>>>
>>>>> require(gdata)
>>>>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>>> df = read.xls (xlsfile)
>>>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>>>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>>>
>>>>> require(xlsx)
>>>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>>>>
>>>>> library(XLConnect)
>>>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>>>
>>>>> --
>>>>>
>>>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo
>>>>> xml
>>>>> por dentro:
>>>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>>>
>>>>>
>>>>> -- ejemplo del fichero:
>>>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>>>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>>>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
>>>>> instalacion</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>>>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia
>>>>> nominal
>>>>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>>>> FOTOVOLTAICA
>>>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>>>> ...
>>>>>
>>>>>
>>>>> Gracias de antemano.
>>>>>
>>>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación
>>>>> Shiny,
>>>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
>>>>> servidor?
>>>>>
>>>>>
>>>>> Miguel
>>>>>
>>>>>         [[alternative HTML version deleted]]
>>>>>
>>>>> _______________________________________________
>>>>> R-help-es mailing list
>>>>> R-help-es en r-project.org
>>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>>
>

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