[R-es] gestión de la memoria en R? (o Eclipse)

[Xavier de Pedro]

Mmm, parece ser que el problema está en Java y/o Eclipse, no en R
(al borrar todos los objetos del espacio de trabajo de R y empezar de 
nuevo tenía el mismo problema; y algo parecido se deducía al mirar el 
uso de la memoria del todo el sistema operativo y lo que ocupaban los 
procesos de Java y Eclipse).

Así, he ejecutado el script desde otro IDE mucho más ligero (rkward), y 
el consumo de memoria del sistema por el IDE era un orden de magnitud 
menor (!), y R no ha tenido ningun problema en procesar todos los 
archivos hasta el final, etc.

De todas formas, mi interes por aprender más sobre como monitorear y 
gestionar la memoria de R sigue vigente. Si alguien tiene alguna 
recomendación, ¡será bien recibida!

Xavi


On 02/03/11 11:21, Xavier de Pedro wrote:
> Hola:
>
> Por lo visto tengo un problema de gestión de la memoria en R con un 
> programa que trabaja con archivos por lotes (no sé si se dice así en 
> castellano, en "batch" mode) para elaborar unos informes, etc.
>
> En el conjunto de datos de un año concreto, tengo 197 archivos xml que 
> procesar, de entre 50 y 200Kb la mayoría, con un total de 28 Mb en 
> total. Trabajo con Eclipse como IDE (lo digo por si influye que la 
> consola de R se ejecute desde allí a través de rJava, creo entender), 
> y el ordenador tiene 2Gb de RAM.
>
> Pues la cuestión es que des de hace unas semanas se me cuelga la 
> sesión de R antes de llegar al final del procesado de archivos (hoy en 
> el archivo número 180)
>
> El mensaje de la consola es algo así como:
>
> -------------------------------------------
> Error in system(paste("rm ", myfilename, sep = ""), TRUE) :
> cannot popen 'rm files_out/2010/report_on_file_list.txt', probable 
> reason 'No s’ha pogut reservar memòria'
> -------------------------------------------
>
> 'No s’ha pogut reservar memòria' = No se ha podido reservar memoria
>
> Y lo más curioso, es que si salgo de la sesión de R y Eclipse, y 
> vuelvo a entrar, normalmente puedo ejecutar todo el procesado por 
> lotes hasta el final sin problemas.
>
> Así que me huelo que hay algun problema de gestión de memòria o en R o 
> en Eclipse (y/o en mi script, claro).
>
> ¿En lo que hace referencia a R (para ir descartando cosas, e ir 
> aprendiendo a monitorear mejor el uso de su memoria por parte de mis 
> scripts), hay alguna manera fácil de verla y moniteorarla?
>
> Gracias de antemano por las pistas que me podáis dar para investigar 
> más sobre el tema.
>
> Xavi
>
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