[R] strange nlme augpred behaviour

[PIKAL Petr]

Dear all

I encountered strange behaviour of augPred with virtually the same data

First I made groupedData object.
> mar.g<-groupedData(rutilizace~doba|int, data=mar)

When I perform nlme on complete dataset I get an error with augPred
> fit<-nlsList(rutilizace~SSasymp(doba, Asym, R0,  lrc), data=mar.g)
Warning message:
c("1 error caught in nls(y ~ cbind(1 - exp(-exp(lrc) * x), exp(-exp(lrc) * x)), data = xy, : singular gradient", "1 error caught in     start = list(lrc = lrc), algorithm = \"plinear\"): singular gradient")
> fit1<-nlme(fit)
> plot(augPred(fit1, level=0:1))
Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, nm, value = c(6L, 6L, 6L, 6L, 8L,  :
  replacement has 60 rows, data has 12

However when I make subset of my data to keep only affected collumns.
>
> mar.g<-mar.g[,c(3,4, 21)]

> fit<-nlsList(rutilizace~SSasymp(doba, Asym, R0,  lrc), data=mar.g)
Warning message:
c("1 error caught in nls(y ~ cbind(1 - exp(-exp(lrc) * x), exp(-exp(lrc) * x)), data = xy, : singular gradient", "1 error caught in     start = list(lrc = lrc), algorithm = \"plinear\"): singular gradient")
> fit2<-nlme(fit)
> plot(augPred(fit2, level=0:1))
>
augPred works as a charm.

When I compare fit1 and fit2 they are equal
> all.equal(fit1, fit2)
[1] TRUE
>

Does anybody know where I should try to search for problems?

Best regards
Petr

> traceback()
6: stop(sprintf(ngettext(N, "replacement has %d row, data has %d",
       "replacement has %d rows, data has %d"), N, nrows), domain = NA)
5: `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, nm, value = c(1L, 1L, 1L, 1L, 5L,
   5L, 5L, 5L, 9L, 9L, 9L, 9L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L, 12L,
   12L, 12L, 12L, 3L, 3L, 3L, 3L, 7L, 7L, 7L, 7L, 11L, 11L, 11L,
   11L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 5L, 9L, 9L, 9L, 9L, 2L, 2L,
   2L, 2L, 6L, 6L, 6L, 6L, 10L, 10L, 10L, 10L))
4: `[[<-`(`*tmp*`, nm, value = c(1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 5L,
   9L, 9L, 9L, 9L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L, 12L, 12L, 12L,
   12L, 3L, 3L, 3L, 3L, 7L, 7L, 7L, 7L, 11L, 11L, 11L, 11L, 1L,
   1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 5L, 9L, 9L, 9L, 9L, 2L, 2L, 2L, 2L, 6L,
   6L, 6L, 6L, 10L, 10L, 10L, 10L))
3: gsummary(data, groups = groups)
2: augPred.lme(fit1, level = 0:1)
1: augPred(fit1, level = 0:1)

> version
               _
platform       x86_64-w64-mingw32
arch           x86_64
os             mingw32
system         x86_64, mingw32
status         Under development (unstable)
major          3
minor          5.0
year           2017
month          07
day            31
svn rev        73003
language       R
version.string R Under development (unstable) (2017-07-31 r73003)
nickname       Unsuffered Consequences
>

Package nlme version 3.1-131


________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.