[R] applying coda package effectiveSize function to a list

[PIKAL Petr]

Hi

> -----Original Message-----
> From: Debra Ragland [mailto:ragland.debra at yahoo.com]
> Sent: Wednesday, July 01, 2015 4:53 PM
> To: PIKAL Petr
> Subject: Re: [R] applying coda package effectiveSize function to a list
>
> Hi Petr,
>
> How do I remove a post?

AFAIK, no way. Why?

Instead of removing speculating about removing your post you shall add some additional info so as knowledgable guys can find out an answer.

Petr

>
> Sent from my iPhone
>
> > On Jul 1, 2015, at 10:40 AM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz>
> wrote:
> >
> > Hi
> >
> > Please no HTML posting. It is almost unreadable.
> >
> > Do not post twice the same question, it is unnecessary.
> >
> > I do not know coda package but without further info you probably do
> not get sensible answer.
> >
> > Is your splits data  mcmc or mcmc.list object?
> >
> > How does objects for which the function works differ from your other
> tested objects?
> >
> > Just a wild guess - some part of an object for which effectivSize
> throws error has dimension 1 or 0.
> >
> > Cheers
> > Petr
> >
> >
> >
> >
> >
> >> -----Original Message-----
> >> From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org] On Behalf Of
> debra
> >> ragland via R-help
> >> Sent: Wednesday, July 01, 2015 3:23 PM
> >> To: r-help at r-project.org
> >> Subject: [R] applying coda package effectiveSize function to a list
> >>
> >> Please help,I am spinning my wheels behind what should be a pretty
> >> simple solution. I found a solution by asking another question on
> >> here but it seems to not be effective on all my files of similar
> make
> >> up to the test case. I am simply trying to read data into R,
> >> group/order it by chain and atom number (V2 and V3 in the test data)
> >> and apply the effectiveSize function from the coda package to the
> grouped data.
> >> Previously I have tried splitting the data, and then applying the
> >> function over the new list, which, as I previously stated, only
> works
> >> in the test case.sapply(lst, function(x)
> >> coda::effectiveSize(x["variable"])) see comments Apply a function
> >> from a specific R package to all files in folderI have tried
> >> aggregate, ddply, and a host of other commands/packages to no
> >> avail.My data files are very large so I am hoping that someone
> >> willing to help can retrieve a file from hereI cannot interpret the
> >> error I that I am getting, that seems to pop up no matter what I
> >> do.Error in ar.yw.default(x, aic = aic, order.max = order.max,
> >> na.action = na.action,  : 'order.max' must be >= 1One dataset is
> here
> >> https://drive.google.com/open?id=0B0I4hNiJD0ErZWR5UDZjd1BiNm
> >>      [[alternative HTML version deleted]]
> >>
> >> ______________________________________________
> >> R-help at r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> >> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> >> guide.html and provide commented, minimal, self-contained,
> >> reproducible code.
> >
> > ________________________________
> > Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a
> jsou určeny pouze jeho adresátům.
> > Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho
> kopie vymažte ze svého systému.
> > Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento
> email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> > Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou
> modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.
> >
> > V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> > - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> > - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně
> přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky
> ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
> > - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> > - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně
> zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly
> adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje,
> předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené
> známá.
> >
> > This e-mail and any documents attached to it may be confidential and
> are intended only for its intended recipients.
> > If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> > If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any
> manner.
> > The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
> >
> > In case that this e-mail forms part of business dealings:
> > - the sender reserves the right to end negotiations about entering
> into a contract in any time, for any reason, and without stating any
> reasoning.
> > - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer)
> excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient
> containing any amendment or variation.
> > - the sender insists on that the respective contract is concluded
> only upon an express mutual agreement on all its aspects.
> > - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to
> enter into any contracts on behalf of the company except for cases in
> which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such
> authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the
> person represented by the recipient, or the existence of such
> authorization is known to the recipient of the person represented by
> the recipient.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.