[R] structural equation modeling in sem, error, The model has negative degrees of freedom = -3, and The model is almost surely misspecified...

Michele Silva misilvafbq at gmail.com
Thu Sep 4 20:58:17 CEST 2014

Dear Prof. John,

I'm trying to solve the following model in R, but I getting error about 
the degree of freedom. As I don't have much experience, could you please 
explain to me what is the problem? I'm studying the influence of several 
soil parameters (pH, NH4, OM, Moisture) on the abundance of some 
microbial groups (Nitrosotalea, Nitrosos_Cl1, Nitrosos_Cl3, Nitrosos_Cl4 
e Nitrosos_Cl7), and on enzyme activity (PNA).

Thanks in advance,

Best regards


mod.pnr1 <- specifyModel()
Nitrosotalea -> PNA, B2, NA
Nitrosos_Cl1 -> PNA, B3, NA
Nitrosos_Cl3 -> PNA, B4, NA
Nitrosos_Cl4 -> PNA, B5, NA
Nitrosos_Cl7 -> PNA, B6, NA
pH -> PNA, B9, NA
NH4 -> PNA, B10, NA
OM -> PNA, B11, NA
Moisture -> PNA, B12, NA
pH -> PD_AOA, B18, NA
NH4 -> PD_AOA, B19, NA
OM -> PD_AOA, B20, NA
Moisture -> PD_AOA, B21, NA
pH -> Nitrosotalea, B22, NA
NH4 -> Nitrosotalea, B23, NA
OM -> Nitrosotalea, B24, NA
Moisture -> Nitrosotalea, B25, NA
pH -> Nitrosos_Cl1, B26, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl1, B27, NA
OM -> Nitrosos_Cl1, B28, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl1, B29, NA
pH -> Nitrosos_Cl3, B30, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl3, B31, NA
OM -> Nitrosos_Cl3, B32, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl3, B33, NA
pH -> Nitrosos_Cl4, B34, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl4, B35, NA
OM -> Nitrosos_Cl4, B36, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl4, B37, NA
pH -> Nitrosos_Cl7, B38, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl7, B39, NA
OM -> Nitrosos_Cl7, B40, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl7, B41, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl1, B53, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl3, B54, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl4, B55, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl7, B56, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosotalea, B57, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl3, B58, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl4, B59, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl7, B60, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosotalea, B61, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl1, B62, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl4, B63, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl7, B64, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosotalea, B65, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl1, B66, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl3, B67, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl7, B68, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosotalea, B69, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl1, B70, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl4, B71, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl3, B72, NA
pH -> NH4, B42, NA
pH -> OM, B43, NA
NH4 -> OM, B45, NA
NH4 -> pH, B46, NA
OM -> NH4, B47, NA
OM -> Moisture, B48, NA
OM -> pH, B52, NA
Moisture -> OM, B70, NA
PNA <-> PNA, e12, NA
PD_AOA <-> PD_AOA, NA, 1
Nitrosotalea <-> Nitrosotalea, e5, NA
Nitrosos_Cl1 <-> Nitrosos_Cl1, e6, NA
Nitrosos_Cl3 <-> Nitrosos_Cl3, e7, NA
Nitrosos_Cl4 <-> Nitrosos_Cl4, e8, NA
Nitrosos_Cl7 <-> Nitrosos_Cl7, e9, NA
NH4 <-> NH4, e6, NA
OM <-> OM, e5, NA
Moisture <-> Moisture, e7, NA
pH <-> pH, NA, 1

Dra. Michele de Cássia Pereira e Silva
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ)/ USP
Departamento de Ciência do Solo e Nutrição de Plantas
Laboratório de Microbiologia do Solo
Av Pádua Dias, 11 CP 09 CEP-13400-970
Piracicaba - São Paulo

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