[R] Cansisc: Error in eigen(eHe, symmetric = TRUE)

[John Fox]

Dear Maria Judith Carmona Higuita,

Since you didn't include enough information (such as your access to your data) to reproduce the error, one can only guess. My guess: you have fewer observations in your data set than response variables on the LHS of the multivariate linear model.

I hope this helps,
 John

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John Fox, Professor
McMaster University
Hamilton, Ontario, Canada
http://socserv.mcmaster.ca/jfox/

On Wed, 9 Jul 2014 11:36:35 -0500
 Maria Judith Carmona H <juditycarmona at gmail.com> wrote:
> Hi,
> 
> I have a problem using the function Candisc from Candisc Package.
> 
> bosques1<-read.csv("bosques1.csv",header=TRUE,encoding="latin1")
> bosques1<-na.exclude(bosques1)
> attach(bosques1)
> 
> #Modelo de regresión
> mod <-
> lm(cbind(biomasa,altdosel,altsoto,cobertura,riqarb,elevacion,temperatura,precipitacion,
>                 Acanthaceae, Apocinaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae,
> Aspleniaceae, Begoniaceae,
>                 Blechnaceae, Bromeliaceae, Clusiaceae, Cyclanthaceae,
> Davalliaceae, Denstaedtiaceae,
>                 Dryopteridaceae, Ericaceae, Gesneriaceae, Hymenophyllaceae,
> indet., Lauraceae, Lomariopsidaceae, Lycopodiaceae, Melastomataceae,
> Moraceae, Myrsinaceae, Ophioglossaceae,
>                 Orchidaceae, Peperomia, Piperaceae, Poaceae, Polypodiaceae,
> Primulaceae, Pteridaceae,
>                 Pteridophyta.taxa, Rubiaceae, Vittariaceae) ~ sitio,
> data=bosques1)
> summary(mod)
> 
> #Gráfico 1
> can <- candisc(mod, term="sitio",data=bosques1,ndim=1,eig=T)
> ### The error happens here, so I can not run the plot.
> plot(can,titles.1d = c("Puntuación canónica", "Estructura"))
> summary(can, means = FALSE, scores = TRUE, coef = c("std"), digits = 2)
> 
> The error is:
> Error in eigen(eHe, symmetric = TRUE) : infinite or missing values in 'x'
> In addition: Warning message:
> In sqrt(wmd) : NaNs produced
> 
> Please help!
> 
> -- 
> Maria Judith Carmona Higuita.
> Estudiante de Biología - Universidad de Antioquia
> Medellín - Colombia
> 
> "La felicidad ocurre cuando encajas en tu vida, cuando encajas
> tan armónicamente que cualquier cosa que hagas es una alegría para ti. De
> repente lo sabrás y la meditación te seguirá. Si amas el trabajo que haces,
> si amas la manera como vives, entonces ya estás meditando y nada puede
> distraerte." Osho
> 
> 	[[alternative HTML version deleted]]
>