[R] how to count "A", "C", "T", "G" in each row in a big data.frame?
Yao He
yao.h.1988 at gmail.com
Thu Jan 10 01:04:03 CET 2013
In fact I want to calculate the gene frequency of each SNP.
The key problems are that:
1. my data.frame is large ,about 50,000 rows. So it is so slow to
split() it by row
2 .The allele in each SNP (each row) are different.Some are A/G, some
are G/C. It is a little bit embarrassed for me to handle it.
Thank you for your help
2013/1/9 jim holtman <jholtman at gmail.com>:
> forgot the data. this will count the characters; you can add logic
> with 'table' to count groups
>
> ########################
> x <-
> structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
> "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
> "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
> "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
> "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
> "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
> 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
> 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
> 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
> 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
> 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
> "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
> X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
> "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
> "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
> "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
> "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
> "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
> "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
> "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
> "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
> "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
> "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
> "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
> "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
> "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
> "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
> "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
> "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
> "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
> "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
> "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
> 27412:27431, class = "data.frame")
>
> # create a 'key' of characters in the "X" columns
> indx <- which(grepl("^X", names(x)))
>
> x$key <- apply(x[, indx], 1, paste, collapse = '')
>
> # create counts
> counts <- t(apply(x, 1, function(z){
> c(A = nchar(gsub("[^A]", '', z['key']))
> , C = nchar(gsub("[^C]", '', z['key']))
> , G = nchar(gsub("[^G]", '', z['key']))
> , T = nchar(gsub("[^T]", '', z['key']))
> )
> }))
>
> ############# output
>
>> counts
> A.key C.key G.key T.key
> 27412 81 0 25 0
> 27413 0 29 0 77
> 27414 0 0 0 106
> 27415 0 106 0 0
> 27416 0 27 0 79
> 27417 0 106 0 0
> 27418 0 106 0 0
> 27419 0 0 0 106
> 27420 0 106 0 0
> 27421 10 0 96 0
> 27422 37 0 69 0
> 27423 39 0 67 0
> 27424 4 0 102 0
> 27425 0 0 20 86
> 27426 0 65 0 41
> 27427 40 0 66 0
> 27428 0 78 0 28
> 27429 106 0 0 0
> 27430 97 0 9 0
> 27431 68 0 38 0
>
>
> On Wed, Jan 9, 2013 at 9:23 AM, Yao He <yao.h.1988 at gmail.com> wrote:
>> Dear All
>>
>> I have a data.frame like that:
>> structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
>> "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
>> "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
>> "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
>> "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
>> "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
>> 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
>> 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
>> 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
>> 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
>> 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
>> "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
>> X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
>> "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
>> "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
>> "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
>> "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
>> "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
>> "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
>> "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
>> "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
>> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
>> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
>> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
>> "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
>> "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
>> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
>> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
>> "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
>> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
>> "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
>> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
>> "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
>> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
>> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
>> "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
>> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
>> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
>> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
>> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
>> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
>> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
>> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
>> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
>> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
>> "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
>> "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
>> "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
>> "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
>> "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
>> "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
>> "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
>> "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
>> 27412:27431, class = "data.frame")
>>
>> how to count how many "A","C","T","G" in each row
>> an example output what I want is like that
>> A C AA AC CC
>> 3 5 1 1 2
>>
>> Thanks in advance
>>
>> Yao He
>> --
>> —————————————————————————
>> Master candidate in 2rd year
>> Department of Animal genetics & breeding
>> Room 436,College of Animial Science&Technology,
>> China Agriculture University,Beijing,100193
>> E-mail: yao.h.1988 at gmail.com
>> ——————————————————————————
>>
>> ______________________________________________
>> R-help at r-project.org mailing list
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
>> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
>
>
> --
> Jim Holtman
> Data Munger Guru
>
> What is the problem that you are trying to solve?
> Tell me what you want to do, not how you want to do it.
--
—————————————————————————
Master candidate in 2rd year
Department of Animal genetics & breeding
Room 436,College of Animial Science&Technology,
China Agriculture University,Beijing,100193
E-mail: yao.h.1988 at gmail.com
——————————————————————————
More information about the R-help
mailing list