[R] memeory problem?!
massimodisasha
massimodisasha at yahoo.it
Fri Dec 1 16:05:05 CET 2006
hi,
i'm trying to perform a clustering on a big dataframe the code is this:
print("load required R packages")
require(spgrass6)
require(cluster)
gmeta6 <- gmeta6()
print("read in our 7 raster files from GRASS")
x <- readFLOAT6sp(c
("er","crosc","longc","slope","profc","minic","maxic"))
print("assemble a matrix of our terrain variables")
morph <- data.frame(cbind(x$er, x$crosc, x$longc, x$slope, x$profc, x
$minic, x$maxic))
print("normailize slope by dividing my max(slope)")
morph <- data.frame(cbind(x$er, x$crosc, x$longc, x$slope/max(x
$slope), x$profc, x$minic, x$maxic))
names(morph) <- c
("er","crosc","longc","slope_n","profc","minic","maxic")
print("perform the clustering")
morph.clara <- clara(morph, k=5, stand=F)
x$morph_class <- morph.clara$clustering
print("send result back to GRASS")
rast.put6(x,"morph", zcol="morph_class")
during the step : ....perform the clustering
after a lot of time,
i've this error:
Errore in sprintf(fmt, ...) : La lunghezza della stringa eccede la
dimensione del buffer di 8192
Inoltre: Warning messages:
1: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
2: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
3: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
4: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
5: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
6: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
7: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
8: La stringa di caratteri verrà probabilmente troncata
Esecuzione interrotta
if i try the same code on a subregion of my data, it works very fine!
but for a large region i've this error :-(
obviously i think that is a memory problem, right ?
(i'm working with a notebook PPC-1.33-512ram)
my data are : 7 raster-map on a region of about 50X40 km at a
resolution of 20m.
is there some wolkaround about the memory problems?
an other question is:
what is this :
Warning messages:
1: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
2: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
3: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
4: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
5: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
6: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
7: perl = TRUE è implementato solo nei locale UTF-8
is it about this line of the code :
morph.clara <- clara(morph, k=5, stand=F)
i have an F > false
thanks for any suggestion about,
Massimo
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