[R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Manuel Mendoza]

Gracias Javier, en mi caso el problema es más sencillo. Se trata de
encontrar patrones en la expresión génica en las células de 3 formas
básicas de cáncer (que incluyen muchos tipos distintos). Estas se
distribuyen en 933 líneas celulares, en las que se analizó el grado de
expresión de 58036 genes. Por eso son tantas variables.
Un saludo,
Manuel

El vie, 1 abr 2022 a las 7:15, Javier Marcuzzi (<
javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>) escribió:

> Estimado Manuel Mendoza
>
> Desconozco como funciona en su caso, yo tuve algo de genética y R, no
> tenía esa cantidad de variables, pero sí muchos más individuos y utilizaba
> la relación entre parientes para los cálculos genéticos.
>
> Por casa variable entraba la relación entre parientes, pero aquí está el
> problema, son todas las variables por todas las relaciones entre parientes
> necesarias para la genética aditiva del gen, supongamos 1000 relaciones por
> 3 variables, es 1000 por cada un a de las tres más el resto, esto es un
> calculo computacional impresionante.
>
> Como este problema es conocido, en genética se utiliza “esparce matrix” el
> corrector me modifica, para poder trabajarlo, por lo que es posible que el
> algoritmo no sea el adecuado, aunque si es genética de procariotas no había
> ciertos problemas, por lo que es la reproducción celular.
>
> Consulte internamente en los algoritmos para seleccionar o buscar otra
> opción adecuada que tenga en cuenta el trabajo con la memoria ram, hay
> alternativas muy específicas que no se dan o requieren fuera de genética,
> por lo menos dentro de lo que yo conozco.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> > El 31 mar. 2022, a las 23:59, Manuel Mendoza <mmendoza using fulbrightmail.org>
> escribió:
> >
> > Buenos días, por primera vez he necesitado trabajar con una df que
> incluye nada menos que 58036 variables, que son grados de expresión génica
> (el nº de muestras es 933) y al hacer un random forest (paquete
> randomForest) me ha dado un error hasta ahora para mi desconocido: Error:
> protect(): protection stack overflow
> >
> > Parece ser debido a la falta de memoria del ordenador, que es un laptop,
> aunque bastante potente. Con 9197 variables no tuve problemas y tardó mucho
> menos de lo que yo esperaba.
> > ¿Es posible hacer algo?
> > Gracias,
> > Manuel
> >
> >
> > Memnory Usage Report
> >
> > <image.png>
> >
> >
> >  Con gc() me salió esto:
> >
> >                   used      (Mb)         gc trigger        (Mb)
>  max used        (Mb)
> > Ncells  1120419      59.9           2413118      128.9
> 1717277         91.8
> > Vcells 56595010   431.8     1723373484   13148.3     1793563775
> 13683.9
> >
> >
> >
> >
> >
> >
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