[R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Manuel Mendoza]

Buenos días, por primera vez he necesitado trabajar con una df que incluye
nada menos que 58036 variables, que son grados de expresión génica (el nº
de muestras es 933) y al hacer un random forest (paquete randomForest) me
ha dado un error hasta ahora para mi desconocido: Error: protect():
protection stack overflow

Parece ser debido a la falta de memoria del ordenador, que es un laptop,
aunque bastante potente. Con 9197 variables no tuve problemas y tardó mucho
menos de lo que yo esperaba.
¿Es posible hacer algo?
Gracias,
Manuel


Memnory Usage Report

[image: image.png]


 Con gc() me salió esto:

                  used      (Mb)         gc trigger        (Mb)
 max used        (Mb)
Ncells  1120419      59.9           2413118      128.9            1717277
       91.8
Vcells 56595010   431.8     1723373484   13148.3     1793563775    13683.9

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