[R-es] Significancia de clusters

[Francisco Maturana]

Estimado Fernando, un paquete que me ha dado muy buenos resultados es
FactoMinerR
http://factominer.free.fr/
Además, tiene un amplio soporte
Aca la web del desarrollador que te deja unos videos
https://francoishusson.wordpress.com/2017/08/04/clustering-with-factominer/

tanto conceptuales como del uso de las funciones

Saludos
Fco





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> Asuntos del día:
>
>    1. Significancia de clusters (Fernando Archuby)
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>
> Message: 1
> Date: Sat, 8 Jun 2019 12:21:16 -0300
> From: Fernando Archuby <farchuby using gmail.com>
> To: r-help-es using r-project.org
> Subject: [R-es] Significancia de clusters
> Message-ID:
>         <CAE09ejcd8yyRZK7+Jk1ridHzVRLdvFdBW9qOzjeO=
> AS51mCDdg using mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Buenos días/tardes/noches.
>
> Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología,
> pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en
> 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar
> clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé
> son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las
> proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un
> problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters
> con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños
> muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada
> cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et
> al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de
> cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia
> (disimilitud)....En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de
> las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo
> calcular la distancia de Bray-Curtis. Díganme qué otra info puedo darles
> para ampliar. Y muchas gracias!
>
> http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html
>
> Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R.
> https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2
>
> Saludos,
>
> Fernando.
>
>
> --
>
> *Dr. Fernando M. Archuby*
> CONICET-UNLP
> Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
> farchuby using gmail.com
>
>



-- 
Francisco Maturana Miranda
Dr. Planificación territorial, urbanismo y dinámicas del espacio
Profesor Asociado, Departamento de Geografía Universidad Alberto Hurtado
www.fmaturana.cl

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