[R-es] Coeficientes GLM binomial

[Marcelino De La Cruz Rot]

Hola Jaume:
Los datos que pones en la fórmula son diferentes de los que introduces 
en el newdata en la función predict(). Además, el Intercept en la 
fórmula lo lo has metido cambiado de signo. Si lo haces correctamente, 
coinciden el resultado del predict y el resultado de la fórmula:

 > prob<- -1.89521331-0.02303313*(25)+4.74499714*(0)+0.02043222*(3)
 > antilogit(prob)
[1] 0.08243261
 >

Saludos,

MArcelino

El 05/12/2019 a las 7:28, Jaume Tormo escribió:
> Un ejemplo con un modelo más simple:
> He especificado este modelo:
>> formula(m2.pile)
> ger ~ tem + pot + time
> Si hago predict me da:
>> predict(m2.pile,newdata=data.frame(tem=25,pot=0,time=3),type="response")
> 0.08243262
> Extraigo los coeficientes:
>> coef(m2.pile)
> (Intercept)         tem         pot        time
> -1.89521331 -0.02303313  4.74499714  0.02043222
> Ahora calculo la probabilidad usando los coeficientes
>> prob<-1.89521331-0.02303313*(15)+4.74499714*(-0.3)+0.02043222*(3)
>> prob
> [1] 0.1875139
> Transformo la probabilidad por que no está en la forma de la respuesta
> antilogit<-function(x){exp(x)/(1+exp(x))} #función para transformar
>> antilogit(prob)
> [1] 0.5467416
>
> Si transformo los coeficientes:
>> antilogit(coef(m2.pile))
> (Intercept)         tem         pot        time
>    0.1306512   0.4942420   0.9913799   0.5051079
> Y aplico la formula
>> prob<-0.1306512-0.4942420*(15)+0.9913799*(-0.3)+0.5051079*(3)
>> prob
> [1] -6.065069
> Tampoco da nada parecido
>
> Como veis, en ningún caso, el resultado se parece en nada al valor del
> predict, no veo que estoy haciendo mal.
> ¿Alguna idea?
>
> Jaume.
>
> El jue., 5 dic. 2019 a las 6:44, Jaume Tormo (<jautorbla using gmail.com>)
> escribió:
>
>> Muchas gracias Marcelino y Manuel,
>>
>> He seguido vuestros consejos, pero sigo teniendo el mismo problema.
>> Creo que lo que me ocurre es que no se como montar la formula con los
>> valores de temperatura, potencial y tiempo.
>> Lo que quiero decir es:
>> Yo a R le especifico que el modelo es así:
>> ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>> Pero para hacer eso a mano, con los valores de mis variables (temperatura,
>> potencial y tiempo) ¿La formula que debería usar es esta?
>> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
>> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>> Donde los números son los valores de los coeficientes y temp, pot y time
>> son los valores de mis variables, los que cambio en la formula para
>> predecir la germinación en distintas condiciones.
>> Al hacer el predict me da valores entre 0 y 1 que son probabilidades, pero
>> al aplicar esta formula me da valores mayores de 1, no tiene sentido.
>> Preguntado de otra forma ¿Si en R pone I(tem^2):pot eso equivale a
>> 0,4997649*temp^2*pot? Siendo 0,4997649 el valor del coeficiente.
>>
>> Muchas gracias.
>>
>> Jaume.
>>
>>
>>
>> El jue., 28 nov. 2019 a las 13:27, Jaume Tormo (<jautorbla using gmail.com>)
>> escribió:
>>
>>> Estimad using s errer using s
>>>
>>> He hecho este modelo glm
>>> m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>>>               ,family="binomial"
>>>               ,data=long.PILE
>>>               )
>>> Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de
>>> tem (Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla
>>> pasa en esas condiciones).
>>> Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad
>>> de germinación.
>>> Para eso uso:
>>>
>>> predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
>>> Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y
>>> razonables.
>>>
>>> Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
>>> los coeficientes del modelo.
>>> Extraigo los coeficientes mediante:
>>> x<-coefficients(m1.pile)
>>> y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
>>> binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
>>> Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))
>>>
>>> Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
>>> Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
>>> esto:
>>> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
>>> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>>>
>>> Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
>>> time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
>>> temp, pot y time.
>>>
>>> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
>>> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
>>> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>>>
>>> Muchas gracias.
>>>
>>> Jaume.
>>>
>>> Dr. Jaume Tormo.
>>> Area of Ecology
>>> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
>>> Technological College. Agri-food and Environment
>>> University of Zaragoza, Spain
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España