[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?

[DIEGO PAUL VELEZ MORA]

Gracias a todos. Me refiero a cuellos de botella genéticos que se dan en poblaciones pequeñas. La intención es analizar si una especie sufrió una deriva genética por cuello de botella. Gracias nuevamente por su ayuda.

Saludos,
Diego

El 7 jun. 2018, a las 17:03, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi using gmail.com<mailto:javier.ruben.marcuzzi using gmail.com>> escribió:

Estimado Diego Mora

Un libro que tiene sobre deriva genética que se da cuándo la población disminuye, es Introducción a la Genética Cuantitativa, aunque lo de introducción al lado de otros libros debería decir compendio. R tiene varios aportes en genética cuantitativa, lógicamente hay muchos con SNP y microsatélites, incluso planteos sobre "cuál usar".

Desconozco sus datos o que busca realmente, pero podría haber algo de regresión de cox, el de sobrevida, y algo de algoritmo genético donde hay lo que conocemos desde la genética ADN y no genética informática, pero la genética informática en los algoritmos permite colocar parámetros de "tasas - mutación", estos podrían ser los que algo tipo regresión de cox, lo que podría alimentar un algoritmo genético en R, entrando en un círculo donde los parámetros se calculan muchas veces hasta llegar a una propuesta aceptada.

Lo que usted busca no me resulta un problema extraño, casi seguro que en R hay algo, pero habría que tener cuidado, no recuerdo exactamente las fórmulas matemáticas que tiene Falconer en el libro que cite, pero si recuerdo que cambian, por lo que un algoritmo en R en genética de las poblaciones puede ser incorrecto cuándo se da la deriva genética que puede provocar un cuello de botella e térmicos biológicos. En otras palabras la genética de poblaciones con sus formulas clásicas no se puede aplicar cuándo hay deriva genética, habría que leerlo muy bien para no confundirse.

Por otro lado sería bueno que aclare a que se refiere por cuello de botella, en genética puede ser un cuello de botella informático, los dos son posibles, biológico como de cómputo.

Javier Rubén Marcuzzi

El jue., 7 jun. 2018 a las 18:37, eric (<ericconchamunoz using gmail.com<mailto:ericconchamunoz using gmail.com>>) escribió:

Hola Diego, no se la respuesta a tu pregunta especifica, pero si se que hay una linea de desarrollo en R para tratar con muchos tipos de datos del area biologica, como datos de citometria, QPCR y esas cosas. Se llama BIOCONDUCTOR, su web es www.bioconductor.org<http://www.bioconductor.org>. De su pagina saco lo siguiente:

Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of high-throughput genomic data. Bioconductor uses the R statistical programming language, and is open source and open development. It has two releases each year, 1560 software packages<https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software>, and an active user community. Bioconductor is also available as an AMI<https://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/> (Amazon Machine Image) and a series of Docker<https://www.bioconductor.org/help/docker/> images.

Pienso que ese proyecto te puede proporcionar herramientas de software para hacer lo que necesitas.

Saludos,

Eric.


On 06/07/2018 05:19 PM, DIEGO PAUL VELEZ MORA wrote:

Buen día a todos,

Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano.

Saludos,
Diego

________________
Diego P. Vélez Mora
Departamento de Ciencias Biológicas
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Loja, Ecuador
Tel: (593-7) 370 1444
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