[R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

Jue Feb 16 04:24:07 CET 2017

Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
    factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
    index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
        "richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
        "jack1", "jack2", "chao", "boot"),
    method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
    sortit=FALSE, digits=8)

El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E <luisespo00 en hotmail.com> escribió:

> Estimados,
>
> Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta
> funcionando.
>
> Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El
> script esta correcto, pero no se porque me tira error.
>
>
>
>
> > fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",
> index="richness",method=“s")
> Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
> "richness",  :
>   choose an accepted method, not method: s
>
>
> Gracias a ambos por su ayuda.
>
>
> Saludos, Luis
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<
> mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió:
>
> Ya...
> El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería
> de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
> ¿Tienes instalado el Xcode?.
>
> Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
> aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
> paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
> "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de
> "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala
> e instálala...
>
> Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican
> todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador
> de "R" donde buscar los compiladores necesarios.
>
> Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
>
> 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:
> luisespo00 en hotmail.com>>:
> Gracias Carlos,
>
> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque
> no lo puede instalar
>
> Aqui mando la salida:
>
>
> > install.packages("data.table")
>
>   There is a binary version available but the source version is later:
>            binary source needs_compilation
> data.table 1.10.0 1.10.4              TRUE
>
> Do you want to install from sources the package which needs compilation?
> y/n: y
> installing the source package 'data.table'
>
> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/
> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
> ==================================================
> downloaded 2.9 MB
>
> Durante la inicializaci'on - Warning messages:
> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
> 2: Setting LC_TIME failed, using "C"
> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
> * installing *source* package 'data.table' ...
> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools),
> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
> ERROR: compilation failed for package 'data.table'
> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/
> Resources/library/data.table'
> Warning in install.packages :
>   installation of package 'data.table' had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn
> /T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
>
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<
> mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió:
>
> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
> "data.table"....
> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:
> luisespo00 en hotmail.com>> escribió:
>
> Estimados,
>
> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio,
> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
> BiodiversityR.
>
> Alguien tiene alguna posible solución?
>
> Desde ya muchas gracias.
>
> Saludos, Luis
>
>
> > library(Rcmdr)
> Loading required package: RcmdrMisc
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   there is no package called 'data.table'
> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org>
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
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*Manuel Spínola, Ph.D.*
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