[R-es] error en "dudi.pco"

[nuria bs]

Buenas! Estoy intentando hacer un script que me permita integrar la información filogenetica, funcional, ambiental y espacial para saber si hay filtrado ambiental en mis comunidades. Aunque el script creo que esta bien hecho, me sale un error que no puedo solucionar y no se porque me aparece. Alguien podría darme alguna idea? Gracias!!!!


library("picante")
library("stringr")
library("ecodist")
library("ade4")
library("ape")

my.xys <- read.table("C:/Filogenia/IN_my.xys.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
my.env <- read.table("C:/Filogenia/IN_my.env.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
my.sample <- read.delim(file="C:/Filogenia/IN_my.sample.txt", sep="\t", header=T,row.names=1)
my.traits <- read.delim("C:/Filogenia/IN_traits_norm.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)

stand.value <-apply(my.env, MARGIN=2, max)-apply(my.env, MARGIN=2, min)
stand.envs <-sweep(my.env,2,stand.value,"/")

my.phylo <- read.tree("BCTree_Ports.nwk")

######################################### RLQ #######################################################
# Convertimos el arbol en un arbol de la clase "phylog" gracias a la funcion "newick2phylog()" 
# la cual ya incluye la matriz de distancias filogeneticas. 
my.phylog <-newick2phylog(write.tree(my.phylo))

# L matrix: COA para my.sample:
COA.sample <- dudi.coa(my.sample,scan=FALSE,nf=dim(my.sample)[2]-1)

# Hacemos un PCA con la matriz de datos geograficos. Esto constituira la mitad de la matriz R.
PCA.xy <- dudi.pca(my.xys,COA.sample$lw,scan=FALSE, nf=dim(my.xys)[1]-1)

# Hacemos un PCA que sera la otra mitad de la matriz R.
PCA.env<- dudi.pca(stand.envs,COA.sample$lw,scale=FALSE, scan=FALSE, nf=dim(stand.envs)[2])

# Hacemos un PCO para los traits:
dist.traits <- dist(my.traits,method="euclidean")
dist.traits<-as.matrix(dist.traits)

# Primera mitad de la matriz Q:
PCO.traits <-dudi.pco(d=dist.traits, row.w=COA.sample$cw,full=TRUE)
Error in dudi.pco(d = dist.traits, row.w = COA.sample$cw, full = TRUE) : 
  Distance matrix expected
# Segunda mitad de la matriz Q:
PCO.phylo <-dudi.pco(as.dist(as.matrix(my.phylog$Wdist)[names(my.sample),names(my.sample)]),COA.sample$cw,full=TRUE)

# Modificamos las matrices:
source("RLQ.R")
rlq.output <- rlqESLTP(PCA.env,PCA.xy,COA.sample,PCO.traits,PCO.phylo,scan=FALSE,nf=2)


 		 	   		  
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Name: BCTree_Ports.nwk
Type: application/octet-stream
Size: 1171 bytes
Desc: no disponible
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